穴盘播种机播种后种子发芽率低可能是由多种因素导致的。

一是种子自身的原因。种子的质量差，比如储存时间过长，导致种子活力下降。或者种子在采收过程中受到损伤，胚的完整性被破坏，这种情况下即使播种条件适宜，种子也难以正常发芽。

二是播种环境的问题。温度不适宜是一个关键因素，不同的种子有不同的发芽适温，如果播种后环境温度过高或过低，都会抑制种子发芽。例如，喜温植物的种子在低温环境下可能会进入休眠状态。湿度也是重要因素，若穴盘基质过于干燥，种子无法吸收足够的水分来启动发芽过程；但如果湿度过高，又容易导致种子缺氧腐烂。

三是播种操作环节的影响。播种深度过深或过浅都会对发芽率产生不利影响。过深会使种子难以出土，过浅则可能导致种子因缺水而不能发芽。此外，穴盘基质的质量也很关键，若基质的透气性差、养分不足或者含有有害物质，也会阻碍种子发芽。

最后，播种后的病虫害侵袭也不容忽视。如果穴盘中存在病原菌或者害虫，可能会侵害种子，导致种子发霉、腐烂或者被啃食，从而降低发芽率。